स्थापना कालदेखि नै मधेस प्रदेश सरकारमा आर्थिक अनुशासनको अभाव देखिँदै आएको छ ।
पछिल्ला ६ वर्षमा प्रदेश सरकारको कुल बेरुजु ७ अर्ब ८३ करोड ६८ लाख रुपैयाँ पुगेको छ, तर यसतर्फ कुनै ठोस पहल देखिएको छैन ।
विगतका वर्षहरुदेखि नै सुशासन र पारदर्शिताको भाषण गरिँदै आएपनि व्यवहारमा आर्थिक लापरवाही र बेथिति कायम रहँदै आएको प्रदेश लेखा नियन्त्रक कार्यालय जनकपुरधामले सार्वजनिक गरेको तथ्यांकले पुष्टि गर्छ ।
०७४/०७५ देखि ०७९/०८० सम्म प्रदेश सरकारको नियमित बेरुजु ५ अर्ब २५ करोड ३८ लाख, पेस्की बेरुजु १ अर्ब ९९ करोड १४ लाख र असुलउपर गर्नुपर्ने बेरुजु ५९ करोड १५ लाख रुपैयाँ रहेको छ । प्रदेश सरकार गठन भएको पहिलो वर्ष १६ करोड ४६ लाख मात्र बेरुजु रहेकोमा क्रमशः बढ्दै जाँदा पछिल्लो वर्ष १ अर्ब ५९ करोड १६ लाखभन्दा बढी बेरुजु भएको देखिन्छ ।

महालेखापरीक्षकको २०८१ सालको छैटौं वार्षिक प्रतिवेदन अनुसार सबैभन्दा बढी बेरुजु भौतिक पूर्वाधार विकास मन्त्रालयको छ, जसको कुल बेरुजु ८२ करोड ५४ लाख रुपैयाँ छ । यता, प्रदेशसभा सचिवालयको बेरुजु भने शून्य देखिएको छ ।
प्रतिवेदनअनुसार प्रदेश सरकार अन्तर्गतका १४९ निकायको ४७ अर्ब ९५ करोड २१ लाख रुपैयाँ बराबरको लेखापरीक्षण सम्पन्न हुँदा १ अर्ब ८५ करोड ४२ लाख रुपैयाँ बेरुजु देखिएको छ । कुल लेखापरीक्षण रकमको २.९३ प्रतिशत बेरुजु कायम भएको छ, जुन अघिल्लो वर्षको २.२५ प्रतिशतभन्दा बढी हो ।
मधेस प्रदेश नीति आयोगका पूर्वउपाध्यक्ष तथा अर्थशास्त्री डा. भोगेन्द्र झाका अनुसार, “व्यक्तिगत स्वार्थ र सस्तो लोकप्रियताको खोजीमा लागेको राजनीतिक नेतृत्वको ध्यान बेरुजु फछ्र्यौटतर्फ नगएकोले यो अवस्था आएको हो ।"
महालेखापरीक्षकको प्रतिवेदनले वित्तीय अनुशासन कायम नहुनुमा आन्तरिक आय न्यून हुनु, संघीय अनुदानमा निर्भरता, उत्पादनशील क्षेत्रमा कम बजेट, आयोजनाको असमान छनोट, कानुनको पालना नहुनु, प्राविधिक समन्वयको अभाव र कार्यान्वयन कमजोरीलाई प्रमुख कारण ठहर गरेको छ ।